Город, на реке Остер, в 83 км от Чернигова и в 126 км от Киева.
Упоминается в летописи в 1147, как Уненеж.
Современное название известно с 1514. В 12 в. был крепостью Черниговского княжества.
В 1239 разрушен татаро-монголами.
Разорённый до основания, вероятно, татарами в XIII в., Уненеж не упоминается ни в актах, ни в летописи до начала XVII в.
В грамоте Сигизмунда III от 1625 впервые встречается название Н.
Он был в то время новоселым городом, возникшим на старом Уненежском городище, которое дало ему возможность сразу стать "мстцем оборонным"; это содействовало скорейшему заселению города.
Защищённый труднопроходимыми болотами, Н. уже с половины XVII в. становится заметным торговым пунктом.
В 1649 Н. был сделан центром управления одного из больших малороссийских полков, нежинского, и оставался им до 1782.
Нежинцы принимали участие в восстаниях против польского магната М. Потоцкого во главе с полковником Балиловцем (1631), Павлюком (1637), Остряницей (1638). Восстание жестоко подавлено, и на части площади (теперь сквер Гоголя) и вдоль путей к ней установили виселицы и помосты, на которых казнили повстанцев.
В 1663 в Нежине состоялась "Черная Рада", на которой избран гетманом Левобережной Украины И.Брюховецкий, который отдал всю Украину под непосредственную власть московского царя.
Гетман Брюховецкий более других заботился о процветании Н., но он же был и виновником его разорения.
Двинувшийся на усмирение казаков, изгонявших русских воевод, Ромодановский в 1667 отдал Н. на разграбление солдатам, а потом "спалил место Н.".
С помощью царя город отстроился вновь очень скоро; несколько позже была возобновлена и его крепость.
Гетманы заботливо охраняли его права и привилегии.
С учреждением малороссийской коллегии Н. был обложен разными сборами и налогами наряду с другими малороссийскими городами.
Со второй половины 17 в. становится одним из наибольших торговых центров Украины, в чем значительную роль сыграла греческая община, которая здесь поселилась в средине 17 в.
В 18-19 вв. был одним из важнейших просветительских и научных цетров Украины.
В 1708 Н. приписан к Киевской губ., в 1781 назначен уездным городом Черниговского наместничества, в 1797 вошёл в состав Малороссийской губ., в 1802 - Черниговской.
В 1782 Н. имел 1623 двора и 11104 жит., в том числе 765 греков.
Греки стали привозить в левобережную Малороссию разные "турские" товары уже с первой половины XVII в.
Богдан Хмельницкий, желая еще более приохотить их к привозу товаров, первый дал им льготы; им покровительствовали и следующие гетманы.
При Мазепе греки образовали "греческое церковное братство".
Дарованные гетманами льготы греки сохранили и при введении, при Екатерине II, городового положения, когда суд братства был переименован в нежинский греческий магистрат, с подчинением его черниговскому губернскому магистрату.
С присоединением к России приморских пунктов, более богатые греки переселились туда, а оставшиеся, занимаясь преимущественно мелочной торговлей и ремеслами, постепенно входили в состав местного общества и даже нередко появлялись в среде казачьей старшины.
В 1857 всех греков в Н. было 200 человек.
С уничтожением греческого магистрата, при введении городового положения 1870 г., уничтожилась последняя связь, соединявшая членов нежинского греческого общества, и нежинские греки потеряли все свои привилегии.
С 1762 открываются школы - частный пансион, народные училища, женская гимназия.
В 1820 И. Безбородько основал Нежинскую гимназию высших наук, которая по уставу приравнивалась к университету.
Ныне здесь один из корпусов педагогического института.
В 1910...11 полёт в Нежине Уточкина С.И., одного из первых русских лётчиков, наблюдал С.П.Королёв.