Указание о создании музея дал в 1856 Александр II.
Дело поручили комиссии в составе председателя князя И.А.Оболенского, директора ОПК писателя А.Ф.Вельтмана, архитектора Ф.Ф.Рихтера и археологов И.М.Снегирёва, Б.В.Кене и А.А.Мартынова.
В 1857...58 под руководством Ф.Ф.Рихтера велась работа по переустройству дома.
Палаты - единственная постройка, сохранившаяся от большой усадьбы бояр Романовых, где по преданию родился Михаил Фёдорович - первый царь династии Романовых.
Кельи превратились в сложное сооружение, являясь образцом одной из первых реставраций.
22 августа 1959 музей был открыт.
После 1917 перешёл в руки ОПК, интерьеры были переоформлены.
В 1960...63 под руководством художника Р.А.Карпова оформлен внутренний вид палат в Зарядье.
Историко-архитектурный памятник XV-XVII вв.